一個C程式的原始碼儲存在一個或多個原始檔中，但一個函數只能完整地出現在同一個原始檔中。把相關的函數放在同一個檔案內是一種好策略。每個原始檔都分別編譯，產生對應的目標檔案。然後，目標檔案被鏈接在一起，形成可執行程式。編譯和最終執行程式的機器有可能相同，也可能不同。
在用gcc編譯c程式碼時，當使用<math.h>庫函數時，需增加編譯選項-lm，如：
gcc punched_card_machine.c -lm -o punched_card_machine.out