在 MongoDB 中，核心程序主要包含了 mongod、mongos 和 mongosh 三個。
其中最主要的是 mongod 程式，其在不同的部署方案中（單機部署、副本集部署、分片叢集部署），通過不同的設定，可以扮演多種不同的角色：
在一臺伺服器上，可以啟動多個 mongod 服務。但在實際生產部署中，通常是建議一臺伺服器部署一個 mongod 範例，這樣不僅減少資源競爭，而且伺服器故障也不會同時影響到多個服務。
mongos 在分片叢集中扮演路由的角色，提供使用者端和分片之間的介面。
mongosh 是 MongoDB 整合的互動式 shell 工具。
MongoDB 資料庫工具是用於處理 MongoDB 部署的命令列實用程式的集合。資料庫工具包括以下二進位制檔案：
MongoDB 資料邏輯結構分為資料庫 database、集合 collection、檔案 document 三層 :
一個資料庫中可以建立多個集合，原則上應把邏輯相近的集合都放在一個資料庫中。
在 MongoDB 中，會有以下幾個內建的資料庫：
和 SQL 的表不同，集合是動態模式，不需要在讀寫資料前建立模式就可以使用，集合中的檔案也可以擁有不同的欄位，隨時可以任意增減某個檔案的欄位。
預設情況下，集合不要求其檔案具有相同的模式，但這是一種很好的實踐。可以通過使用 MongoDB 的檔案驗證功能和可用於多種程式語言的物件–檔案對映（object-document mapping）庫來實現檔案驗證。
集合由其名稱進行標識，集合名稱可以是任意 UTF-8 字串，但有以下限制：
""）。\0（空字元），這個字元用於表示集合名稱的結束system. 開頭，該字首為內部集合保留集合名稱使用 . 字元可以建立子集合，用與區分不同組織集合。雖然子集合沒有任何特殊屬性，但它們很有用，許多 MongoDB 工具整合了子集合。
檔案是 MongoDB 中資料的基本儲存單元，以一種叫作 BSON 的檔案結構表示。
檔案中的鍵值對是有序的，不同序則是不同檔案。並且鍵是區分大小寫的，否則也為不同檔案。
檔案的鍵是字串，而值除了字串，還可以是 Int、Long、Double、Boolean、陣列、嵌入檔案等多種型別。
每個檔案都有一個預設的 _id 鍵，它相當於關係型資料庫中的主鍵，這個鍵的值在同一個集合中必須是唯一的。
_id 鍵的值預設是 ObjectId 型別，在插入檔案的時候，如果使用者不設定檔案的 _id 值的話，MongoDB 會自動生成一個唯一的 ObjectId 值進行填充。
MongoDB 在 3.2 版本已經將 WiredTiger 作為預設的儲存引擎。其作為儲存引擎的時候，資料庫會有以下儲存檔案：
collection-*.wt: 儲存集合的資料index-*.wt: 儲存索引的資料WiredTiger: 儲存基本設定資訊WiredTiger.wt: 儲存所有其他集合的後設資料資訊WiredTiger.lock: 儲存程序 ID，用於防止多個程序連線同一個 WiredTiger 資料庫WiredTiger.turtle: 儲存 WiredTiger.wt 的後設資料資訊journal: 儲存資料庫的寫紀錄檔MongoDB 提供的 mongosh 是一個 JavaScript 的 shell，其提供了許多高階功能和自定義功能。
對於 MongoDB 提供的功能，shell 內建了幫助檔案，可以輸入 help 命令進行存取，使用 db.help() 可以檢視資料庫級別的幫助檔案，使用 db.foo.help() 可以檢視集合級別的幫助檔案。
在 shell 中使用函數之前，在不使用括號的情況下輸入函數名，這樣會列印出函數的原始碼，這是一個可以檢視函數具體行為的好方法。
shell 不止可以直接執行 JavaScript 的指令碼程式碼，還可以用於執行 JavaScript 的指令碼檔案，簡單執行 mongo script.js 即可。
如果已經進入到 shell 中，可以使用 load() 函數載入 JavaScript 指令碼檔案。
對於需要頻繁被載入的指令碼，可以將它們新增到 .mongorc.js 中，此檔案會在啟動 shell 時自動執行。
在更實際一些的場景中，使用此指令碼可以設定全域性變數，或者為長名稱設定一個簡短的別名，也可以重寫內建函數。
通過將 prompt 變數設定為一個字串或函數，可以重寫預設的 shell 提示，如下範例：
prompt = function() {
if (typeof db == 'undefined') {
return '(nodb)> ';
}
// 檢查最後的資料庫操作
try {
db.runCommand({getLastError: 1});
} catch (e) {
print(e);
}
return db+"> ";
};
提示函數應該返回一個字串，通常應該包含對 getLastError 的呼叫，這樣可以捕獲輸入時的錯誤，並在 shell 斷開連線時自動重新連線。
使用 shell 時，編輯多行的時候不能再編輯前面的行，這對於較大的程式碼塊或物件非常不友好。
為此，可以在 shell 中設定 EDITOR 變數，則可以使用 edit varname 的方式編輯一個變數，完成更改後只需儲存並退出編輯器，變數將被重新解析並載入回 shell 中。
大多數情況下可以使用 db.collectionName 語法來獲得一個集合的內容，但如果集合名稱是保留字或是無效的 JavaScript 屬性名稱時，那麼此方法就不能正常工作了。
對於上述的情況，可以使用 db.getCollection() 的方式繞過無效屬性。