獲取軟體:GAMESS 官網:https://www.msg.chem.iastate.edu/GAMESS/download/register/,按提示通過郵箱申請獲取,注意對郵箱字尾有限制,大概一到兩天會有回覆。
設定環境:
設定的系統環境所需軟體都從intel官網下載。
ifort :
下載軟體:https://www.intel.cn/content/www/cn/zh/developer/articles/tool/oneapi-standalone-components.html
執行:bash l_xxx.sh
按提示選擇回車
設定環境變數:export PATH=$PATH:/home/t/intel/oneapi/compiler/2022.1.0/linux/bin/intel64
檢視版本及測試ifort:ifort --ersion 輸出了版本年號就說明安裝完成。這個版本號在後面的設定編譯時被需要。
mkl:
下載軟體: https://registrationcenter-download.intel.com/akdlm/irc_nas/18483/l_onemkl_p_2022.0.2.136_offline.sh
執行:bash l_xxx.sh
按提示選擇回車
impi:
執行:bash l_xxx.sh
按提示選擇回車
啟用intel系統環境變數:
在intel/oneapi目錄下,bash setvars.sh
安裝編譯GAMESS
解壓 tar -zxf gamess-xx.tar.gz
進入 cd gamess
設定 ./config
按照提示操作,輸入相應內容,然後按確認鍵!下面是需要輸入的部分留意回車後的提示
輸入名字:linux64(一般)回車
程式版本號:選擇預設的00,則直接回車。可以自設版本號。
fortran選取:ifort 回車
ifort版本: 提前通過 ifort --version 獲取,本文用的ifort是2021的,所以就填 21 回車
數學庫選取:mkl 回車
mkl路徑:如果intel環境變數已經啟用這裡會自動找到mkl的路徑,直接回車就ok!如果沒有啟用則要手動輸入mkl路徑,再回車。建議提前啟用好。
按提示輸入:procced 回車
並行型別選擇:sockets
後面提示安裝其他庫:可根據自己需要填入yes 或 no ,本文所裝全部填的no
編譯:參照解壓後的資料夾下有一個README.MD檔案
make ddi
make modules 載入模組
make -j 16 gamess -j引數可自設用於加速編譯
完成以上操作就會在gamess檔案下生成 gamess.00.x 檔案
測試前準備:修改gamess檔案下的rungms檔案
建立資料夾:mkdir src 此檔案用於存放gamess執行過程中的中間檔案。非必要但建議建立!
修改三處,就在rungms檔案的非註釋部分的頭部從第2到到第4行改為自己的gamess實際路徑。
原:
set SCR=~/gamess/restart set USERSCR=~/gamess/restart set GMSPATH=~/gamess
改為:
set SCR=~/xxx/gamess/src set USERSCR=~/xxx/gamess/src set GMSPATH=~/xxx/gamess
注:xxx為自己安裝的實際路徑(通過pwd可檢視!)
測試:
在gamess資料夾下:./runall 00 此處一共測試48個例子。
如果執行了上面命令,馬上就結束了,應該就是出錯了!可以通過檢視一個例子的執行記錄,找到出錯原因!如:cat exam01.log9(完整按以上步驟操作應該不會出錯,但電腦環境不同也不一定!)
使用:gamess通過rungms這個指令碼進行計算
可以將rungms加入到.bashrc中,如下:
在.bashrc中加入如下內容:
export GAMESS=~/xxx/gamess/rungms
alias gamess='~/xxx/gamess/rungms'
然後 source .bashrc
使用時:GAMESS exam01.inp 00 2
使用時定位到rungms所在的目錄(推薦):
~/xxx/gamess/rungms exam01.inp 00 2
其中:eaxm01.inp 是輸入檔案 ; 00是版本號,之前編譯安裝時輸入的數位,預設就是00 ; 2 是並行核數
後記:
更多gamess使用,將會在後續更新。
參照轉載請註明出處!