ifort + mkl + impi (全套intel)編譯安裝量子化學軟體GAMESS 2022 R1版本

2022-09-06 06:04:14
  • 說明:linux下編譯軟體都需要先設定好該軟體依賴的系統環境。系統環境可以通過軟體的安裝說明了解,例如:readme.md等檔案或網頁。這個前提條件很重要!後面正式編譯出錯基本都可以歸結到系統環境設定不對!

  • 獲取軟體:GAMESS 官網:https://www.msg.chem.iastate.edu/GAMESS/download/register/,按提示通過郵箱申請獲取,注意對郵箱字尾有限制,大概一到兩天會有回覆。

  • 設定環境

    設定的系統環境所需軟體都從intel官網下載。

  • 安裝編譯GAMESS

    • 解壓 tar -zxf gamess-xx.tar.gz

    • 進入 cd gamess

    • 設定 ./config

      按照提示操作,輸入相應內容,然後按確認鍵!下面是需要輸入的部分留意回車後的提示

      • 輸入名字:linux64(一般)回車

      • 程式版本號:選擇預設的00,則直接回車。可以自設版本號。

      • fortran選取:ifort 回車

      • ifort版本: 提前通過 ifort --version 獲取,本文用的ifort是2021的,所以就填 21 回車

      • 數學庫選取:mkl 回車

      • mkl路徑:如果intel環境變數已經啟用這裡會自動找到mkl的路徑,直接回車就ok!如果沒有啟用則要手動輸入mkl路徑,再回車。建議提前啟用好。

      • 按提示輸入:procced 回車

      • 並行型別選擇:sockets

      • 後面提示安裝其他庫:可根據自己需要填入yes 或 no ,本文所裝全部填的no

    • 編譯:參照解壓後的資料夾下有一個README.MD檔案

      • make ddi

      • make modules 載入模組

      • make -j 16 gamess -j引數可自設用於加速編譯

    • 完成以上操作就會在gamess檔案下生成 gamess.00.x 檔案

    • 測試前準備:修改gamess檔案下的rungms檔案

      • 建立資料夾:mkdir src 此檔案用於存放gamess執行過程中的中間檔案。非必要但建議建立!

      • 修改三處,就在rungms檔案的非註釋部分的頭部從第2到到第4行改為自己的gamess實際路徑。

        原:

        set SCR=~/gamess/restart set USERSCR=~/gamess/restart set GMSPATH=~/gamess

        改為:

        set SCR=~/xxx/gamess/src set USERSCR=~/xxx/gamess/src set GMSPATH=~/xxx/gamess

        注:xxx為自己安裝的實際路徑(通過pwd可檢視!)

    • 測試

      • 在gamess資料夾下:./runall 00 此處一共測試48個例子。

      • 如果執行了上面命令,馬上就結束了,應該就是出錯了!可以通過檢視一個例子的執行記錄,找到出錯原因!如:cat exam01.log9(完整按以上步驟操作應該不會出錯,但電腦環境不同也不一定!)

    • 使用:gamess通過rungms這個指令碼進行計算

      • 可以將rungms加入到.bashrc中,如下:

        在.bashrc中加入如下內容:

        export GAMESS=~/xxx/gamess/rungms

        alias gamess='~/xxx/gamess/rungms'

        然後 source .bashrc

        使用時:GAMESS exam01.inp 00 2

      • 使用時定位到rungms所在的目錄(推薦):

        ~/xxx/gamess/rungms exam01.inp 00 2

        其中:eaxm01.inp 是輸入檔案 ; 00是版本號,之前編譯安裝時輸入的數位,預設就是00 ; 2 是並行核數

    • 後記:

      • 更多gamess使用,將會在後續更新。

      • 參照轉載請註明出處!

      • 本文由@zhangY 創作於2022.09.05。