環境：R_x64_4.0.2 & RStudio_1.2.1335
相比網站生成火山圖，使用R語言生成火山圖可以滿足更多的要求，但相關文章不甚清晰，遂記錄一下生成 帶標籤火山圖 的過程，留與媛媛查閱。

效果預覽

一、EnhancedVolcano安裝方法

1.安裝

RStudio中輸入

install.packages('devtools');devtools::install_github('kevinblighe/EnhancedVolcano');

這裡程式碼意義是下載Github上的EnhancedVolcano包，如果選擇節點記得選擇國內節點

等待安裝直到出現如下提示：

即已經完成安裝。

2.檢驗

檢驗是否成功安裝，輸入

library(EnhancedVolcano)

宣告包，若無ERROR字樣即成功安裝。

二、使用EnhancedVolcano繪製火山圖

1.使用library(EnhancedVolcano)宣告EnhancedVolcano包。
2.匯入資料，以.csv檔案為例

data=read.csv(file="test.csv",header=T,row.names=1,sep=',')

引數說明：

• file="" : 引號內為檔名稱，檔案要放在預設資料夾下，可開啟右下Fils並將檔案拖入，見下圖
• header=T：列名預設設定。
• row.names=1：將第一列作為行名，就是我們要在圖中展示的標籤。
• sep=','：以,為分隔符，如果txt輸入將引數換為" "（空格）。

範例資料：

3.使用EnhancedVolcano()語句生成火山圖,舉例如下：

EnhancedVolcano(data, lab = rownames(data), x = 'Foldchange', y = 'Pvalue',xlim = c(-17, 13),ylim=c(1,6),pCutoff = 0.001,FCcutoff = 2)

引數說明：

• data：匯入的資料檔案。
• lab = rownames(data)：設定標籤，方便展示（此引數須在2.步中設定row.names才能使用）
• x = 'Foldchange'、y = 'Pvalue'：設定橫縱座標軸與data中列的對應
• xlim = c(-17, 13)、ylim=c(1,6)：設定x、y展示區間
• pCutoff = 0.001、FCcutoff = 2：自定義閾值線。

在右側即可看到生成的火山圖