/bin/ 存放系統命令的目錄，普通使用者和超級使用者都可以執行。不過放在 /bin/ 下的命令在單使用者模式下也可以執行。
/sbin/ 儲存和系統環境設定相關的命令，只有超級使用者可以使用這些命令進行系統環境設定（所以在bin前加s）。不過有些命令可以允許普通使用者檢視。
存放系統命令的目錄，普通使用者和超級使用者都可以執行。這些命令和系統啟動無關，在單使用者模式下不能執行。
存放根檔案系統不必要的系統管理命令，例如在多數服務程式。只有超級使用者可以使用。大家其實可以注意到Linux的系統，在所有的"sbin"目錄中儲存的命令只有超級使用者可以使用，"bin"目錄中儲存的命令所有使用者都可以使用。
系統啟動目錄，儲存系統啟動相關的檔案，如核心檔案和啟動載入程式(grub)檔案等。
裝置檔案儲存位置。我們已經說過Linux中所有內容以檔案形式儲存，包括硬體。那麼這個目錄就是用來儲存所有硬體裝置檔案的。
組態檔儲存位置。系統內所有采用預設安裝方式(rpm安裝)的服務的組態檔全部都儲存在這個目錄中，如使用者賬戶和密碼，服務的啟動指令碼，常用服務的組態檔等。
普通使用者的家目錄。建立每個使用者時，每個使用者要有一個預設登入位置，這個位置就是這個使用者的家目錄，所有普通使用者的家目錄就是在 /home 下建立一個和使用者名稱相同的目錄。如使用者 usr1 的家目錄就是 /home/usr1
系統呼叫的函數庫儲存位置。
當系統意外崩潰或機器意外關機，而產生一些檔案碎片放在這裡。當系統啟動的過程中 fsck 工具會檢查這裡，並修復已經損壞的檔案系統。這個目錄只在每個分割區中出現，例如 /lost+found 就是根分割區的備份恢復目錄，/boot/lost+found 就是 /boot 分割區的備份恢復目錄。
掛載目錄。系統建議是用來掛載媒體裝置的，例如軟碟和光碟。
掛載目錄，早期Linux中只有這一個掛載目錄，並沒有細分。現在這個目錄系統建議掛載額外裝置，如U盤，行動硬碟和其他作業系統的分割區。
掛載目錄。系統建議用來掛載NFS服務的共用目錄。我們在剛剛已經解釋了掛載目錄。我們應該知道只要是一個已經建立的空目錄就可以作為掛載點。那麼系統雖然準備了三個預設掛載目錄 /media、/mnt、 /misc ，但是到底在哪個目錄中掛載什麼裝置都可以由管理員自己決定。例如我們可以預設掛載目錄只有/mnt-一個，在/mnt下建立不同目錄掛載不同裝置，如 /mnt/cdrom 掛載光碟，/mnt/usb 掛載U盤，這都是可以的。
第三方安裝的軟體儲存位置。這個目錄就是放置和安裝其他軟體的位置，手工安裝的原始碼包軟體都可以安裝到這個目錄當中。
另外 /usr/loca/ 目錄也可以用來安裝軟體。
虛擬檔案系統，該目錄中的資料並不儲存到硬碟當中，而是儲存到記憶體當中。主要儲存系統的核心，程序，外部裝置狀態和網路狀態燈。如 /proc/cpuinfo 是儲存CPU資訊的，/proc/devices 是儲存裝置驅動的列表的，/proc/filesystems 是儲存檔案系統列表的，/proc/net/是 儲存網路協定資訊的。
虛擬檔案系統，和 /proc 目錄相似，都是儲存在記憶體當中的，主要是儲存於核心相關資訊的。
超級使用者的家目錄。普通使用者家目錄在"/home"下，超級使用者家目錄直接在"/"下。
服務資料目錄。一些系統服務啟動之後，可以在這個目錄中儲存所需要的資料。
臨時目錄。系統存放臨時檔案的目錄，該目錄下所有使用者都可以存取和寫入。我們建議此目錄中不能儲存重要資料，最好每次開機都把該目錄清空。
系統軟體資源目錄。注意usr不是user的縮寫，而是"Unix Software Resource"的縮寫，所以不是存放使用者資料，而是存放系統軟體資源的目錄。系統中安裝的軟體大多數儲存在這裡。
動態資料儲存位置。主要儲存快取、紀錄檔以及軟體執行所產生的檔案。